L'identification peut se faire par tatouage (arrêté du 30 juin 1992 modifié par l'arrêté du 2 juillet 2001) ou par radiofréquence (puce électronique implantée sous la peau) (arrêté du 2 juillet 2001).

La puce électronique est un petit cylindre d'une dizaine de millimètres en matériau biocompatible qui va remplacer progressivement le tatouage à l'encre des animaux de compagnie. Placée sous la peau du cou par une injection indolore réalisée par un vétérinaire, sans anesthésie, la puce électronique permet grâce à un code à 15 chiffres d'identifier les animaux de compagnie « ad vitam aeternam ». La lecture du numéro de la puce électronique se fait ensuite à l'aide d'un lecteur que l'on passe au niveau de l'encolure et qui va "lire" la puce.

Nombreux sont encore les chiens et les chats à l'intérieur du territoire français qui échappent à la règle, mais cette identification s'avère essentielle dès lors que l'animal quitte le territoire aussi bien vers l'étranger que vers un département ou un territoire d'outre-mer.

• Concernant les mouvements à l'intérieur de l'Union européenne, depuis le 3 juillet 2011, seule l'identification électronique est valable. Concernant les mouvements avec le Royaume-Uni, l'Irlande, la Suède et Malte, l'identification doit être électronique. Seule la Suède admet encore le tatouage.
• Concernant les mouvements avec un pays autre que membre de l'UE, les exigences varient : la plupart des pays acceptent les deux techniques alors que certains pays exigent l'identification électronique.

Quel que soit le système d'identification des animaux, il doit être accompagné de l'indication des données permettant de connaître le nom et l'adresse du propriétaire de l'animal.

Dans tous les cas, n'oubliez pas de signaler tout changement personnel au gestionnaire du fichier d'identification : changement de propriétaire, d'adresse ou de numéro de téléphone. Ces modifications sont gratuites et indispensables pour vous retrouver en cas de fugue ou perte de votre animal.